События третьего сезона стартуют спустя два года после разгромного нападения CCG на кафе «Антейку». За прошедшее время влияние CCG в Токио значительно возросло, что позволило обычным людям поверить в скорейшее полное истребление гулей. Тем не менее, серьёзная вражеская организация под названием Древо Аогири тоже не собирается сидеть сложа руки. Для борьбы с нависающей над Токио угрозой был создан особый отряд CCG под названием «отряд куинксов», все члены которого перенесли операцию по вживлению RC-клеток и теперь сами являются одноглазыми гулями. Руководит этим отрядом молодой следователь по имени Сасаки Хайсе, обученный одарённым следователем особого класса Аримой Кишо. Сасаки преуспевает в уничтожении опасных гулей, работая во благо населения Токио, пока однажды не начинает видеть странные образы, которые пытаются достучаться до его сознания, чтобы напомнить, кем он был раньше и кем на самом деле является...